西非野生小型哺乳动物病毒组解析：新发病毒与人畜共患风险研究
发布时间：
2026-03-20
近日，Microbiome杂志发表的一项研究对西非塞拉利昂846只野生小型哺乳动物（蝙蝠、啮齿动物、鼩鼱）进行病毒宏基因组学分析，共鉴定出39种哺乳动物相关RNA病毒，其中26种为全新病毒，13种为已知病毒。副黏病毒科（Paramyxoviridae）多样性最高。啮齿动物携带病毒种类最多（26种）。风险评估发现3种已知人兽共患病病毒：脑心肌炎病毒、拉沙病毒、Rocahepevirus sp.；以及3种潜在溢出风险病毒：melian病毒、啮齿动物肝炎病毒、Hunnivirus A。
在新型病毒中，Bat ledantevirus 2与已知人感染病毒Le Dantec亲缘关系最近，且在2.8%的当地居民血清中检出中和抗体。上述发现不仅揭示了西非地区存在以啮齿动物为主的庞大病毒库，也进一步凸显了在人类-动物交界界面开展主动监测、结合宏基因组学筛查与血清学验证识别潜在溢出风险的重要价值。
研究背景
过去十余年间，新发人类传染病中超过60%源自动物，其中蝙蝠、啮齿动物和鼩鼱被公认为最重要的人畜共患病毒天然储存库。非洲是公认的“人畜共患病地理热点”，塞拉利昂在2014-2016年埃博拉疫情中报告病例超28,000例。然而，尽管人畜共患病在该地区疾病负担中占据主导地位，我们对当地野生小哺乳动物携带病毒的多样性与分布格局仍知之甚少。为此，研究团队于2018-2023年间在塞拉利昂三地捕获846只野生小哺乳动物，采用病毒宏基因组学技术系统描绘其病毒组图谱，识别具有跨种传播潜力的病毒，评估人畜共患病风险，为新兴传染病主动监测与早期预警提供关键科学依据。
核心方法
研究团队采用病毒宏基因组学技术，对2018-2023年间在塞拉利昂采集的846只野生小哺乳动物（按物种和采样地点分为49个样本池）开展了系统的高通量测序分析。关键实验流程如下：
✅样本处理：采集动物心脏、肝脏、脾脏、肺和肾脏组织，混合匀浆后提取总RNA。
✅测序与组装：去除核糖体RNA后构建文库，使用Illumina NovaSeq 6000平台进行测序，通过de novo组装获得病毒重叠群。
✅病毒鉴定：基于RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）基因进行比对，筛选出脊椎动物相关病毒，并排除了细菌、真菌和植物病毒。
✅生物信息学分析：包括系统发育分析、重组事件检测、跨物种传播网络分析以及人畜共患潜力评估。
✅血清学回溯：针对预测具有高人畜共患潜能的蝙蝠莱丹病毒2型，构建VSV假病毒系统对当地居民血清进行中和抗体检测，发现2.8%的检测对象携带特异性中和抗体，为该病毒的潜在跨种传播提供了关键血清学证据。
研究结果
病毒发现与多样性
本研究对采自塞拉利昂的846只野生动物（包括啮齿动物、蝙蝠和鼩鼱）进行了转录组测序分析。基于完整的RNA依赖性RNA聚合酶基因序列，共鉴定出39种哺乳动物相关RNA病毒，其中包含13种已知病毒和26种全新病毒。在病毒组成上，副黏病毒科在所有三个目的动物中表现出最高的病毒多样性，其次为星状病毒科和小RNA病毒科等。从宿主分布来看，啮齿动物是病毒多样性的主要贡献者，共携带26种病毒。
人兽共患病风险
在人兽共患病风险评估方面，共发现3种人兽共患病病毒：脑心肌炎病毒、拉沙病毒和Rocahepevirus sp.；同时识别出3种具有潜在溢出风险的病毒：melian病毒、啮齿动物肝炎病毒和Hunnivirus A。在26种新发现的病毒中，有4种被预测具有较高人兽共患风险。其中，Bat ledantevirus 2与已知感染人的Le Dantec病毒亲缘关系最近。进一步的血清学检测显示，2.8%的当地居民血清中检出针对该病毒的中和抗体，提示该病毒已在当地人群中发生了隐性感染。
跨物种传播特征
跨物种传播分析显示，啮齿动物在病毒共享网络中扮演核心枢纽角色，是病毒跨种传播的关键节点。本研究共发现15种具有跨种传播能力的病毒。跨目病毒传播分析表明，同目动物之间的病毒传播更为常见，而蝙蝠的跨目传播能力相对较低。值得注意的是，部分病毒的宿主范围呈现扩大趋势，例如原认为仅存在于鼩鼱的melian病毒，现已在啮齿动物中被检出。
主要结论及公共卫生意义
一、西非小型哺乳动物携带高多样性病毒组：发现39种RNA病毒，其中26种为全新病毒，揭示该地区存在庞大的病毒库，并且首次报道了具有高人畜共患潜力的新病毒（如Bat ledantevirus 2）。
二、啮齿动物是病毒跨种传播的核心枢纽，应作为主动监测的重点目标：啮齿动物携带病毒种类最多、溢出风险最高；病毒共享频率由宿主亲缘关系驱动，建议将其作为主动监测的重点目标，并在人类-野生动物接触界面开展宏基因组学、血清学与生态学联合监测，以实现溢出风险的早期预警。
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