文献1

文章名称：宏病毒组测序揭示了中国舟山岛蚊子和库蚊的病毒组特征（2023年1月发表， IF=3.7）

文章简介：研究人员收集了舟山岛上与人类活动密切相关的5种生态环境（一个养猪场、农田、一个池塘、一个村庄和一个城市居民区）中的蚊子和库蚊样本，并通过宏病毒组测序分析了其病毒组组成和特征。结果显示，病毒组组成丰富多样，鉴定出191个属，66个科，与宿主种类密切相关，不同宿主种类具有不同的核心病毒组，还发现了一些新的病毒。此外，通过深度学习分析发现，病毒组中还存在着大量的未知病毒，需要进一步研究和注释。

研究结果：

1. 病毒组多样性: 舟山岛蚊子和库蚊类病毒组组成差异较大，病毒序列分布于66科191属。比例最多的病毒序列为：黄病毒科（30.03%）、河病毒科（23.09%）、新病毒科（21.82%）、黄病毒科（13.44%）和弹状病毒科（8.40%），且主要与寄主物种相关，不同寄主物种具有不同的核心病毒组。

2. 血餐来源分析：通过5个地点的4组蚊子样本的中的脊椎动物序列分析表明，吸血蚊子的宿主以鸡、鸭、猪和人为主，与采集蚊子的栖息地基本一致。

3. 新病毒发现：在库蚊中发现了正布尼亚病毒、纳纳病毒和伊黄病毒属的新病毒。

4. 病毒传播风险：使用DeepVirFinder软件发现库蚊样品中存在大量未注释的潜在病毒序列，提示库蚊可能携带更多未知病毒。监测蚊子和库蚊的病毒组对于评估传染病传播风险至关重要。

文中值得参考的思路

1. 采用高通量测序和宏基因组学分析，克服了传统检测方法的局限性，可以全面地识别和鉴定样品中的病毒序列，更利于发现新病毒。

2. 首次利用宏病毒组测序技术分析了舟山岛蚊子和库蚊的病毒组特征，为我国沿海地区的蚊媒病毒研究提供了重要数据。

3. 结合了宏病毒组测序技术和深度学习方法，不仅提高了对已知和新病毒的识别能力，还拓展了对“暗物质”中未知和未注释序列的理解。

4. 使用血餐分析技术探索了蚊子携带的脊椎动物病毒的可能宿主，为蚊媒传染病的防控提供了新的思路。

文献2

文章名称：解码中国东部沿海鼩鼱肺中的RNA病毒组（2024年8月发表，IF=6.3）

文章简介：对中国东部沿海捕获的398只鼩鼱肺样本进行高通量测序，对6种常见鼩鼱的病毒组进行了表征。研究发现与鼩鼱相关的54种已知病毒和72种新病毒，大大增强了我们对哺乳动物病毒的理解。已确定的34种病毒具有溢出风险潜力，其中6种是人类致病病毒：LayV病毒、甲型流感病毒（H5N6）、轮状病毒A、狂犬病病毒、禽副粘病毒1型和大鼠戊型肝炎病毒。除此之外，还发现了10种以前在中国未报告的病毒，其中6种具有溢出风险潜力。所有54种已知病毒和12种新病毒都具有跨越物种边界的能力。本研究揭示了鼩鼱相关病毒的多样性，并为进一步研究追踪和预测源自鼩鼱的新发传染病奠定了基础。

研究结果：

1. 鼩鼱病毒组的多样性： 对中国东部沿海地区 6 种常见鼩鼱的肺部样本进行了高通量测序，共鉴定出126种病毒，包括54种已知病毒和72种新病毒，涉及41个病毒科。

2. 新发病毒种类：本次新发现的RNA病毒物种包括19种正链单链RNA病毒、9种负链单链RNA病毒、3种双链RNA病毒和41种未分类RNA病毒。

3. 人畜共患病病毒：包括拉姆西亚亨尼帕病毒LayV、H5N6型流感病毒、轮状病毒A、狂犬病病毒、禽类副粘病毒1型和鼠类肝炎E病毒。

4. 潜在新发病毒：发现10种之前在中国未报告的病毒，其中6种具有溢出风险。另外，本次鉴定出的所有54种已知病毒和12种新病毒具有跨物种传播的能力。

文中值得参考的思路

1. 大规模样本采集：研究人员采集了来自不同地区、不同季节和不同物种的大量鼩鼱样本，保证了数据的代表性和可靠性。

2. 使用高通量测序技术和宏病毒组分析方法，对鼩鼱样本进行病毒组分析，提高了病毒检测的范围和效率。

3. 研究通过系统发育分析研究了病毒的进化关系，揭示了病毒的多样化和传播途径。

4. 跨物种传播分析：研究结合NCBI数据库信息，分析了病毒的宿主范围和跨物种传播能力，为预测和预防新发传染病提供了重要的参考。

潜在新病原发现方案

科赫氏法则发展于十九世纪，是以当时技术水平能用来辨认病原体的技术通则，尤其对细菌类致病菌的确认具有很好的指导。但在今天，随着高通量测序技术在新发病原发现中越来越广泛应用，把科赫法则作为一种研究思路，学习科赫法则中有用的东西，梳理总结以下基于序列发现为基础的新型潜在新发病原的分子方案。

1.通过宏基因组测序等技术获得的基于序列发现的新微生物，获得的新微生物序列在在同源物种基因组结构上分布均一；或者基于序列的新微生物的证据链可以被重复。

2.针对该新型微生物，首先开展系统进化分析，根据该微生物群体的已知种类，尤其是近源种类的生物学特征，推定潜在的致病性。

3.在推定潜在感染某种传染病的大多数病例中，应该存在该种新病原体的核酸序列，且在人体有病变的器官或组织中载量更高，随着疾病的消退，与病原体相关的核酸序列拷贝数应相应递减或检测不到，反之则反。

4.开展体外人源和哺乳动物敏感细胞实验和动物体内实验，初步评定致病性；或者基于已知序列和基因，研制抗体检测方法，基于人群血清流行病学可以检测到抗体/基于疑似病人样本抗体四倍升高或阳转；或者采用探针原位杂交的方式，在细胞水平证明推定的微生物和感染的组织部位有关。

宏微特斯继2022年与刘玮教授团队合作在NEJM上首次报道“琅琊病毒”，在今年8月、9月再次助力两篇（宏微特斯“新病原发现利器”助力刘玮教授团队再发NEJM——一种新的蜱传湿地病毒）高影响力文章，这些发现凸显了宏微特斯基于反向病原学技术路线的新发病原体发现工具包，在识别未知人类病原体方面的巨大优势和潜力，能够作为广大未知、新发病原监测研究人员的有效工具，助力潜在新病原的快速发现。宏微特斯可提供潜在自然疫源性病原系列检测产品，助力在临床、公卫检测、致病性以及传播机制等研究领域的进一步探索。

文中涉及产品及方案

宏微特斯开发的5大系列产品和2大技术平台，形成对潜在新发病原的序列获取，快速鉴定，鉴别诊断，溯源进化分析及血清流行病学筛查的综合方案。

1. 潜在新发病原体序列获取：通过宏基因组/转录组测序技术获得的基于序列发现的新微生物。

2. 快速诊断：针对高度疑似感染某种传染病的病例，采用单/多重病原联合核酸检测试剂盒，助力快速诊断分流等。

3. 鉴别诊断: 针对疑似症候群感染的病例，采用PTNseq病原微生物基因组富集试剂盒，助力快速鉴别诊断。

4. 全基因组测序：针对已经感染病例，快速高效获取基因组，监测潜在新发病原的来源、谱系、传播和基因组变异。

5. 抗原抗体检测：针对潜在或已经感染病例，了解在人群中的传播情况、感染率、监测治疗效果，制定有效的预防和控制措施。

6. 全自动一体化卡盒式建库系统(AIOS)：是由应用于目标区域捕获及高通量测序(NGS)文库制备的全自动化封闭式反应系统。系统由一体化建库卡盒，以及内置升降温模块的建库单主机AIOS-100或多联机AIOS-800，以及配套的软件组成。制备程序按照标准化生产模式开发设计,为二/三代基因测序实现一体自动化捕获、纯化与文库制备赋能。

AIOS100/800特点

智能多联系统：1-32通量灵活配置，各通道独立控制运行，样本随到随检；

预分装免值守：一步手工加样，即可实现自动化富集、纯化、建库等步骤，无需人员值守；

灵活上机配置：可同时运行宏基因组、多重PCR、液相杂交等不同项目panel；

封闭式防污染：全封闭卡盒三重屏障防止气溶胶外溢，搭载紫外模块，更适于病原微生物检测；

精准控制模块：高精度移液、控温<0.5℃，保证实验结果稳定可靠；

高效售后维保：售后维护方便，组合机单台故障直接替换备用机，无需繁琐现场维修；

7.全自动核酸扩增分析仪AIO800平台介绍

AIO800全自动核酸提取扩增分析系统集样本提取、试剂准备、PCR扩增及结果分析于一体，实现了从样本进到结果出的全自动化处理。

参考文献：

1. Xiaojing Yang , Shiyu Qin, Xiong Liu et al. Meta-Viromic Sequencing Reveals Virome Characteristics of Mosquitoes and Culicoides on Zhoushan Island, China. Microbiol Spectr. 2023 Feb 14;11(1):e0268822.

2. Jing-Tao Zhang, Zhen-Yu Hu, Fang Tang et al.Decoding the RNA viromes in shrew lungs along the eastern coast of China.NPJ Biofilms Microbiomes. 2024 Aug 8;10(1):68.

3. Xiao-Ai Zhang, Hao Li, Fa-Chun Jiang et al. A Zoonotic Henipavirus in Febrile Patients in China. N Engl J Med. 2022 Aug 4;387(5):470-472.

4. Xiao-Ai Zhang, Yi-Dan Ma, Yun-Fa Zhang et al.A New Orthonairovirus Associated with Human Febrile Illness.N Engl J Med. 2024 Sep 5;391(9):821-831.